Isla Margarita je ostrov nacházející se v Karibiském moři, a tedy v tropickém pásmu, což naznačuje, že zdejší klima bude velmi teplé. Průměrná teplota je na ostrově Isla Margarita 27°C v lednu a 32°C v září, což je více než ideální teplota pro dovolenou u moře. Teplota v noci je jen o 3-5°C nižší, než průměrná denní teplota, noci zde tedy rozhodně nebývají chladné, což je ideální pro romantické procházky na pobřeží nebo večery strávené v restauracích a barech pod širým nebem. Nejteplejší oblastí ostrova Isla Margarita je jeho jižní a západní pobřeží, protože právě tyto oblasti jsou přilehlé k pevnině a jsou tedy oteplovány teplým větrem vanoucím z pevniny. Naproti tomu severní a východní pobřeží je ochlazováno větrem vanoucím z Karibského moře.
Díky své poloze v jižní části Karibiku je ostrov Isla Margarita jen zřídka zasažen tropickými hurikány, které jsou častější zejména v severní části této oblasti.
Isla Margarita je opravdu doslova slunným ostrovem. V průměru je zde 320 slunečných dnů v roce, což jsou dny s více než 6 hodinami slunečního svitu. V průběhu roku se zde střídají období sucha a období častějších srážek, což je obvykle období od poloviny června do poloviny července a od poloviny října do ledna. Ovšem nejedná se o žádné dlouhé a vytrvalé srážky, nemusíte se tedy bát naplánovat si svou dovolenou i na tyto měsíce. Srážky jsou na Isla Margarita velmi krátké a jen zřídka déšť trvá více dní.